La actividad del volcán Quilotoa se manifiesta principalmente por sismos, y por emanación de gases en la laguna. Actualmente este volcán se encuentra vigilado por el Instituto Geofísico de la Escuela Politécnica del Ecuador, el cual realiza análisis sísmicos y químicos de este volcán.
Actividad hidrotermal: Se han identificado fumarolas en el fondo del lago y manantiales termales en la parte oriental del volcán.
Deformación del terreno: Estudios de monitoreo han detectado cambios en la estructura del volcán, lo que indica actividad interna.